全球都在用 唯一生物信息學綜合分析軟體
BioNumerics是Applied Maths NV公司開發的一套生物信息學軟體應用程式。
BioNumerics於1996年發布，現在仍然是所有類型生物數據的管理、存儲和（統計）分析平台。BioNumerics由全球各地的數個網路使用，用於共享和識別應變信息。
BioNumerics包括10個軟體模組，用於分析生物信息學中的所有主要應用：1D電泳凝膠、色譜和光譜分析、表型特徵、微陣列、序列等。BioNumerics能夠將來自各種基因組和表型來源成一個全球數據庫，並進行結論性分析。
BioNumerics是唯一提供生物信息學中所有主要應用的綜合分析的軟體平台：1D電泳凝膠、各種色譜和光譜分析、2D蛋白凝膠、表型特徵、微陣列和序列。 BioNumerics的獨特優勢在於它將來自各種基因組和表型來源的信息整合到一個全球數據庫中並進行結論性分析。
BioNumerics運行在業界領先的數據庫引擎，如Oracle®和Microsoft®SQL ServerTM。憑藉其集成的網路和客戶端—伺服器功能，該軟體是任何規模的實驗室之間和之間的通用數據管理和分析的完美支柱。
在生物科學的不同研究領域應用不遺餘力
1.脈衝場凝膠電泳（PFGE）分型：BioNumerics軟體提供了一個用於分析PFGE指紋的集成平台。將所有流行病學信息和凝膠圖像存儲在一個數據庫中。通過強大的統計工具，BioNumerics可以輕鬆進行聚類分析和計算樹狀圖。
2.多位點VNTR分析（MLVA）：多基因位點VNTR分析（MLVA）是一種分子分型方法，用於基於串聯重複（VNTR）的可變拷貝數亞型微生物分離物。 VNTR通常表現出大範圍的拷貝數，即使在高度相關的細菌菌株中也是如此。對於選定的串聯重複序列，拷貝數分析揭示了關於微觀進化水平的關係的見解。
3.使用QIAxcel Advanced系統的ISSR-PCR指紋圖譜：單鏈序列重複聚合酶鏈反應（ISSR-PCR）是一種可重複且相對便宜的DNA指紋圖譜，用於動物，植物，真菌和細菌。它是基於微衛星位點之間的基因組區域的擴增。在自動化DNA測序系統（如QIAxcel Advanced System）上運行這種多功能打字方法可減少所需的操作次數以及時間。可以使用QIAxcel插件將來自QIAxcel Advanced SystemScreenGel®軟體的原始數據文件作為密度曲線文件或峰值表文件導入BioNumerics。
4.基於CSCE的異質雙工分析（HDA）：異質雙相分析（HDA）是快速篩選突變的一種簡單且具有成本效益的技術。通過PCR擴增來自靶基因的DNA，然後進行變性步驟。復性後，雜合突變體DNA或混合野生型和突變體DNA形成異源雙鏈體。與對應的同源雙鏈DNA相比，該異源雙鏈DNA具有不同的電泳遷移行為。
5.TaqMan SNP基因分型：TaqMan®SNP基因分型技術利用Taq聚合酶的5’核酸酶活性在PCR過程中產生螢光信號。對於每個SNP，該測定使用兩個僅在SNP位點上序列不同的TaqMan探針，其中一個探針與野生型等位基因互補，另一個與變體等位基因互補。該技術利用FRET技術，其中5’報導染料和3’猝滅劑染料與野生型和變異等位基因探針共價連接。
模塊化平台 客製化您的生物數據集
BioNumerics軟體提供了一個模塊化平台，可以定制您的生物數據集。選擇5個數據模塊和5個分析模塊。每個數據模塊可以與任何或所有分析模塊組合。以下列出模塊的詳細說明，但不包括所有的功能和可能性。使用BioNumerics Configurator來完成您的BioNumerics平台，以滿足您的研究需求。請聯繫我們了解具體功能的詳細信息，或者您在選擇適合您的應用的正確模塊時遇到問題。
數據模塊
1. 指紋數據模塊：所有類型的電泳凝膠、測序儀痕跡文件、MALDI譜、分光光度和色譜圖。
2.字符數據模塊：商業測試板、抗生素抗性譜、表型和生化特徵、重複數、等位基因數、微陣列數據。
3.序列數據模塊：從Sanger測序色譜圖和下一代測序讀取到完全特徵和註釋的序列，直到基因組大小。
4.趨勢數據模塊：動力學數據（多個時間間隔讀數），實時PCR和各種X-Y測量系列。
5.全基因組地圖數據模塊：快速可視化和聚類全基因組圖（OpGen，Inc.）用於流行病學應變分型和表徵。
分析模塊
1.樹和網絡推理模塊：樹狀圖、系統發育樹、種群建模圖、共識樹和網絡、群集意義分析。
2.分類器和識別模塊：數據庫和識別項目篩選。基於相似性的識別或使用分類器（例如樸素貝葉斯分類器，支持向量機，…）。通過決策網絡自動識別。
3.尺寸和矩陣挖掘模塊：執行MDS、PCA、MANOVA等。識別區分字符並執行字符和條目的任何矩陣表的雙向聚類。
4.基因組分析工具模塊：BioNumerics中的基因組分析工具模塊除了16S宏基因組外，還提供基因組比較、註釋、比對和SNP分析。
5.審計跟蹤模塊：任何數據庫對象的數字簽名，記錄和版本控制從僅記錄到完全追蹤，允許軟體符合最嚴格的「良好生產規範」，包括FDA 21 CFR Part 11。
系統需求
- 作業系統：Windows XP SP3 / Windows Vista / Windows 7 / Windows 8
- 記憶體：1GB以上
- 解析度：1024×768或更高
補充說明
許可選項
- 獨立許可證：我們的獨立軟體許可證是單用戶許可證，每個都有自己的硬體安全密鑰（USB加密狗）。安裝完成後，只需在可用的USB端口中插入硬體安全密鑰即可開始使用該軟體。 該軟體可以安裝在運行Windows Vista，Windows 7或Windows 10的任何電腦上，但您只能使用插入安全密鑰的電腦上的軟體進行操作。如果要在另一台電腦上使用該軟體，則只需將該鍵附加到此電腦上即可。
- 網絡許可解決方案：我們的高級網絡許可解決方案可用於BioNumerics，GelCompar II和BioNumerics Server。
- 兼容性：我們的網絡許可解決方案與Windows Vista，Windows 7或Windows 10組合的任何Windows網絡兼容。該伺服器可能是網絡中的任何Windows Vista，Windows 7或Windows 10電腦（32位或64位）或運行Windows Server 2008，2012或2016的伺服器電腦。運行應用程式軟體的客戶端電腦需要位於同一個域內。所有客戶端 – 伺服器通信均基於HTTP。
- 運作：伺服器電腦已安裝了安全密鑰或安裝了基於軟體的保護密鑰，並運行NetKey 伺服器程式，NetKey 伺服器程式又管理軟體許可證。連接到網絡的所有電腦都可以安裝應用程式軟體，但只有許可證限制允許的數字能夠同時運行軟體。如果達到許可證限制，一旦應用程式在一台電腦上關閉，許可證就可以使用。
進階功能
- 許可證授權：網絡中的每台電腦可以被授予或拒絕伺服器程式訪問應用軟體。如果需要，伺服器可以斷開客戶端。
- 基於訪問規則的客戶端管理：根據客戶端ID，電腦名稱，用戶名，IP地址或IP範圍允許/拒絕規則。可以指定每個客戶端的最大會話數。
- 等待列表：如果超過最大許可證號碼，伺服器程序將管理一個等待列表。客戶端在等待隊列中收到其號碼的消息，一旦其許可證可用，應用軟體就會彈出。
- 超時：每個用戶的空閒時間由伺服器程式記錄。可以指定非活動許可證的超時時間：如果有等待列表，則空閒時間超過超時值的客戶端將丟失其許可證，而不會在等待列表中的第一個。
- 最大使用限制：每個客戶端的使用時間由伺服器程式記錄。可以指定最大使用時間：如果有等待列表，則使用時間超過最大使用時間的客戶端將會將其許可證放棄在等待列表中的第一個。
- 消息傳遞：伺服器可以向任何或所有活動客戶端發送消息，例如，如果伺服器將被關閉或客戶端將被斷開連接。
- 使用統計：伺服器程式記錄每個客戶端的每個用途。這允許在任何時間間隔內計算網絡應用程式的全局負載和每個客戶端電腦的相對使用情況
